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“王爷有过交代，吕宋维持西班牙人现有的政策不变，同时要求官方语言全部换成汉人语。对于吕宋土族部落，王爷已经给驻军下达了命令，将全力清剿，不允许吕宋有地方土族政权”
西班牙人征服吕宋不是单纯依靠武力，因为西班牙军队人数不足以控制吕宋数十万个岛屿，以及上千万的吕宋土人。因此，西班牙政府采取直接控制吕宋主要城镇，和当地土族部落首领共同控制中小城镇，对于土族部落核心区域实行名义统治的政策。
正是由于这种政策的实行，使得西班牙人迅速控制了吕宋全境，没有遇到大规模的抵抗。
这种政策一直持续了半个世纪之后，西班牙人等到移民菲律宾的人口达到五十万人时，方才全面镇压菲律宾土族，最终武力消灭菲律宾所有抵抗势力。
西班牙人是因为远道而来，加上西班牙人是白人人种，和菲律宾的黄色人种分属于两个不同的大种族，因此隔阂太强，加上人少才采取这种怀柔政策。
但是，大明则不同。没有肤色的隔阂，自古大明对吕宋的影响力就非常大，几百年积累下来的威势比西班牙人强多了。同时，也是最重要的。大明国土近在咫尺，明军人数和战斗力都强于西班牙人，因此武力征服菲律宾就成为了可能。进而不需要实行西班牙人的那种怀柔政策。
当然，最重要的是。邓浩楠就没打算将国土扩张的那么大，交通不便利的时代，国土太大是累赘。邓浩楠只想把菲律宾当成殖民地，几百年后，即便菲律宾独立了，也将永远成为大明的仆人。
将吕宋打造成为殖民地还有一个好处，那就是可以进行殖民掠夺，将吕宋的财富运回大明本土，积累成大明自己的国力。
因为，此时的西方正处于资本主义上升阶段。大明的整体工业能力太差，资本主义原始积累虽然在总量上远高于西方任何一个国家，但是国土太过辽阔，人口太多，平均下来的资本主义原始积累就太低了。
而一个国家的真正强大与否不是看总量，正是看人均的积累。为此，邓浩楠不想让人口密集的吕宋成为大明的累赘，所以只能让吕宋成为大明的附属殖民地了。
殖民掠夺吕宋财富的同时，一千多万的吕宋人口更是巨大的消费市场。邓浩楠要强国，必须要走资本主义工业，因此大明的产品将会对外销售，而吕宋就是最好的产品销售市场。让吕宋人永远无法自己生产工业品，只能依靠从大明进口，成为大明将来工业品的倾销地，永远成为大明经济上的附庸。
马尼拉易主的消息被封锁了一个礼拜之后，明军终于开始了全面的军事行动。从台湾府跟随黄大海之后陆续抵达马尼拉的还有十万武装警察，这些大多数都是来自台湾府、广东府和福建府的。他们的任务是跟着明军作战部队的后面，每当军队攻占一座城镇，他们便随后接管该城镇的治安，保护到这个城镇上任的官员。
吕宋有很多土族势力，大大小小不下几十个。其中最大的就是三个势力。分别是吕宋岛的小吕宋国残余势力，棉兰老岛的阿波山区的阿波土族势力，以及萨玛岛上的萨玛人土族势力最为庞大。
吕宋土著势力约有各种军队民团人数总计七十五万，但都没有任何的火器，只有冷兵器如大刀长矛等武器。土族人只是依靠地利跟西班牙人对抗，并没有什么战斗力，只不过因为西班牙人移民过来的数量太少，因此才没有采取军事行动。
三大最大的势力中，每个势力都有数万人的军队。当然，他们的军队严格上不能称之为军队，只能称之为地方保安团，正规作战中不堪一击。
当然，还有菲律宾最大的海盗团伙科科德集团，这同样也是太平洋舰队的世纪难题之一。
明军得到的命令时消灭一切抵抗者，亦或者是有威胁的势力，保证大明对吕宋的绝对同治。因此，明军在吕宋的杀戮罗阇败军的时候，途径圣地亚哥时，遭到当地土族人的欺骗和埋伏，造成明军枪骑兵三师三团的参谋长陈杰少校阵亡，十几名士兵牺牲。。
这是明军自出兵以来牺牲的最大级别的军官，顿时触动了吕宋派遣军司令部。三团团长谢坤得知情况后，迅速掉头折回道圣地亚哥。得知参谋长是被当地人设套杀害的情况之后，被愤怒冲昏了头脑的谢坤顿时下令三团展开军事报复。
立时一天一夜的屠城，圣地亚哥两万多人口被屠殆尽，最后谢坤下令焚毁圣地亚哥，掩盖了屠杀痕迹。
消息传到吕宋派遣军司令部，督察处召回谢坤调查圣地亚哥事件。由于三团官兵守口如瓶，督察处未能掌握起诉陈坤中校的证据。因为在战时，又在殖民地作战，最后派遣军司令部部分军官认为之前针对国内战争时期的军规和法律不适合吕宋地区，要求判处陈坤无罪。
派遣军司令部法庭没有证据起诉陈坤，因此关押陈坤两个小时后将其释放。
黄大海针对这件事情跟赵传风商议，赵传风是坚挺陈坤做得对，并马上召开总督府会议，颁布了一条允许军队消灭具备潜在威胁的敌人的规定，这个规定实际上允许军队拿土族老百姓开刀，使得军队枪杀吕宋土族人得以合法化。
十一月三十日，吕宋派遣军司令部根据吕宋新法规要求，生成新的吕宋地区作战条令，不再把吕宋土族人当成和汉人对等的人群。这样，在赵传风的强力支持下，默许了明军的屠杀行动。
新条例的出台，使得明军在作战的时候伤亡和非战斗减员大规模减少。但凡明军认为有威胁的人，便可以将其击杀，使得土族反抗军无法再呆在老百姓当中，无处藏身。血腥的征伐，使得土族反抗军伤亡惨重，白色的恐怖让平民不敢再帮助土族反抗军。
同治元年十二月，明军海陆军联合出动，在蒙特附近消灭了吕宋岛最大的一个土族势力罗阇（国王）苏莱曼的儿子卡可他领导的军队，全歼四万余敌人，并再次上演了蒙特大屠杀一幕，八万平民遭到血洗。吕宋岛全境被大明占领。
消息每时每刻都上报吕宋派遣军司令部，然后再送回北京。
邓浩楠一开始对这种事情很是皱眉，但很快便默许了。因为他知道，国朝快速复兴，追赶西方列强只能走这条充满血腥的对外扩张之路。
同治二年元月，明军一路向南推进，先后攻占卡兰巴、塔克洛班、巴科洛德、珛雾主要城镇。这些主要城镇的战斗基本上不费一兵一卒，因为西班牙人无力防守住，大多数都直接投降了，因此明军的作战时间都消耗在行军上面了。
吕宋群岛的作战当然消耗时间了，到处都是岛屿，明军从战舰上下来作战，然后再登舰行军到下一个岛上作战。